gmachu pomuzealnego (obecna siedziba Instytutu). Podczas II wojny światowej Marceli Handelsman kierownictwo podziemnego studium historycznego przekazał doc. Tadeuszowi Manteufflowi. Studium rozpoczynając działalność jesienią 1940 r. liczyło 3 wykładowców i 6 słuchaczy. W ostatnim roku akademickim (1943-44) rozrosło się do 12 wykładowców i 90 słuchaczy.
W latach 1945–1955 Instytutem kierował prof. Tadeusz Manteuffel. Instytut rok akademicki 1945/46 rozpoczął z programem studiów stosowanym z powodzeniem w czasie wojny. Program ten dzielił 4-letnie studia magisterskie na 2 okresy. Pierwszy, przeznaczony na wykłady i zajęcia o charakterze encyklopedycznym, kończył się obowiązkowym egzaminem. Drugi okres studiów przebiegał pod znakiem specjalizacji i swobody wyboru zajęć. W 1951 r. Wydział Humanistyczny podzielony został na trzy wydziały: Filozoficzno-Społeczny, Historyczny i Filologiczny. W skład Wydziału Historycznego weszły: Instytut Historyczny (11 katedr), Zespół Katedr Historii Sztuki, Instytut Papirologii, Archeologia oraz Muzykologia.