Kościół odbudowano w latach 1578–1583. 14 sierpnia 1594 roku biskup włocławski Hieronim Rozdrażewski ponownie konsekrował kościół. 1 października 1831 władze pruskie zlikwidowały klasztor Cystersów w Oliwie. Kościół i część zabudowań poklasztornych przydzieliły parafii katolickiej. Bullą z 30 grudnia 1925 roku papież Pius XI erygował diecezję gdańską; na jej mocy kościół oliwski uzyskał rangę katedry, a Oliwa stała się stolicą diecezji i siedzibą biskupów. 8 lipca 1976 roku papież Paweł VI podniósł katedrę do godności bazyliki mniejszej. Bullą z 25 marca 1992 roku papież Jan Paweł II utworzył archidiecezję gdańską z siedzibą w Oliwie, a bazylika stała się archikatedrą.
Architektura Archikatedra thumb|240px|Katedra w Oliwie (ok. 1765) thumb|240px|Katedra oliwska (pierwsza połowa XX w.) thumb|240px|Nagrobek książąt pomorskich w archikatedrze oliwskiej thumb|240px|Nawa główna thumb|240px|Organy wielkie thumb|240px|Małe organy w transepcie thumb|240px|Niebiańska kompozycja barokowa nad ołtarzem głównym Budowla jest trójnawową bazyliką z transeptem i wielobocznie zamkniętym prezbiterium z obejściem. Fasadę flankują dwie smukłe wieże, o wys. 46 m każda z ostro zakończonymi hełmami wys. 18 m zniszczonymi w 1945, a odtworzonymi w 1971. Ożywia ją barokowy portal z 1688, jak również trzy okna różnej wielkości i trzy kartusze.