Wieżę zdobił zegar zamontowany w 1613 roku. koniec XVI wieku – Organistą był tu kompozytor Piotr Drusiński. 1726–1728 – Kościół uzyskał dodatkową od strony południowej nawę w stylu barokowym. 1746–1747 – 39-głosowe organy zbudował wybitny gdański organmistrz Andreas Hildebrandt. 1788 – Szkołę przy kościele św. Barbary przekształcono z łacińskiej na niemiecką. koniec XVIII wieku – Po zapełnieniu się cmentarzyka (zamknięty około 1800 roku) został obok założony mały cmentarz ewangelicki o powierzchni ok. 0,5 ha (nieczynny po otwarciu siedleckiego cmentarza w rejonie ul. Zakopiańskiej i ul. Bema w 1869 roku, zamknięty urzędowo po 1945 roku). 1806–1807 – W trakcie wojen napoleońskich w kościele umiejscowiono szpital wojskowy i magazyny. 1813 – Kościół doznał poważnych uszkodzeń podczas oblężenia Gdańska. 1945 – W wyniku działań wojennych zawaliły się ściany szczytowe, wszystkie górne kondygnacje wieży oraz dachy, a wraz z nimi większość sklepień w północnych kaplicach oraz w arkadach oddzielających nawy.