Komórkami organizacyjnymi komendy oddziału są Wydział Graniczny: Punkt Kontaktowy z siedzibą w Kudowie-Zdroju Polsko-Niemieckie Centrum Współpracy Służb Granicznych, Policyjnych i Celnych w Świecku Wydział Operacyjno-Śledczy Wydział do Spraw Cudzoziemców Wydział Koordynacji Działań Wydział Łączności i Informatyki Wydział Kadr i Szkolenia Pion Głównego Księgowego Wydział Techniki i Zaopatrzenia Wydział Ochrony Informacji Wydział Kontroli i Audytu Wewnętrznego Służba Zdrowia Nadodrzańskiego Oddziału Straży Granicznej z siedzibą w Krośnie Odrzańskim Strzeżony Ośrodek dla Cudzoziemców w Krośnie Odrzańskim Wydział Zabezpieczenia Działań Wydział Analiz, Informacji i Współpracy Międzynarodowej.
Placówki NoOSG W terytorialnym zasięgu działania oddziału, terenowymi organami Straży Granicznej są komendant oddziału i komendanci placówek. Placówka Straży Granicznej w Zielonej Górze-Babimoście: (przejście lotnicze) Zielona Góra-Babimost (przejście lotnicze) Przylep k/Zielonej Góry Placówka Straży Granicznej w Świecku do 30.11.2025 Placówka Straży Granicznej w Słubicach od 1.12.2025 Placówka Straży Granicznej w Gorzowie Wielkopolskim Placówka Straży Granicznej w Poznaniu-Ławicy im.