Działania wojenne podczas II wojny światowej nie spowodowały większych strat ani zniszczeń na szlaku Kolei Izerskiej.
Departament Elektryczny Ministerstwa Komunikacji w Warszawie przygotowywał wznowienie ruchu pociągów elektrycznych, delegując w lipcu 1945 roku na teren tworzonej Dyrekcji Okręgowych Kolei Państwowych we Wrocławiu 22 specjalistów trakcji elektrycznej (dla obsadzenia stanowisk kierowniczych) oraz 15 maszynistów. Pod nadzorem delegatów PKP uruchomiono sieć elektryczną na odcinku Jelenia Góra – Szklarska Poręba oraz liniach wychodzących z Jeleniej Góry do Karpacza i Lubania. Dnia 8 lipca 1945 roku w Moskwie doszło do porozumienia między rządami Polski i Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich, na mocy którego system kolei elektrycznych w Sudetach został uznany za radziecką zdobycz wojenną i przeznaczony do demontażu i wywiezienia do ZSRR. Odcinek sieci trakcyjnej Jelenia Góra Zachodnia – Szklarska Poręba ocalał przed rozbiórką. Mimo tego, podobnie jak inne, nieliczne elementy sudeckiego systemu, których Sowieci przez 3 tygodnie planowego demontażu nie byli w stanie zabrać, decyzją Ministerstwa Komunikacji została zdemontowana i wykorzystana wtórnie na liniach kolejowych i tramwajowych w głębi kraju.