ataki te miały zwiększyć publiczne poparcie dla planowanej wojny przeciwko Fidelowi Castro na Kubie. Jeden z wariantów planu proponował rozpętanie kampanii terroru kubańskiego na obszarze Miami, innych miast Florydy, a nawet w samym Waszyngtonie. 3 marca 1962 Lemnitzer przedstawił plany Sekretarzowi Obrony, Robercie McNamarze. Nie wiadomo, w jaki sposób zareagował McNamara, ale trzy dni później prezydent Kennedy odpowiedział generałowi, że nie ma szans na to, by Ameryka podjęła działania wojskowe przeciwko Kubie. W przeciągu kilku miesięcy, po decyzji odmownej, Lemnitzer przestał być przewodniczącym Kolegium Szefów Połączonych Sztabów.
W listopadzie 1962 Lemnitzer został mianowany Naczelnym Dowódcą Połączonych Sił Zbrojnych NATO w Europie oraz Naczelnym Dowódcą NATO w styczniu 1963.
Odszedł na emeryturę w lipcu 1969. W 1975 prezydent Gerald Ford powołał go na członka Komisji badającej działalność CIA na terenie Stanów Zjednoczonych (Komisja Rockefellera). Komisja miała zbadać czy Centralna Agencja Wywiadowcza naruszyła prawo amerykańskie, jak i jej domniemany udział w zabójstwie prezydenta Johna F.