30 grudniaMajchrowski, op. cit., podaje datę 16 grudnia 1936 Chodacki objął stanowisko Komisarza Generalnego RP w Wolnym Mieście Gdańsku, w trakcie pełnienia tej funkcji uzyskał rangę ministra pełnomocnego i posła nadzwyczajnego. Jego zdecydowana postawa doprowadziła do ponownego zjednoczenia skłóconych organizacji polonijnych w Gdańsku. W stosunku do władz Wolnego Miasta polska polityka nie uległa zmianie i nadal była naznaczona ciągłym oporem wobec postępującej nazyfikacji Gdańska. Komisarz często interweniował u władz Gdańska w obronie Polaków, których życie i zdrowie, w tym czasie, było już coraz bardziej zagrożoneW raportach płynących z Komisariatu do MSZ opisywano napaści na Polaków m.in. w miejscowości Piekło; na polskich uczniów w miejscowości Pszczółki.. W czasie służby Chodackiego na stanowisku Komisarza uległa nasileniu praca wywiadowcza Komisariatu, a pracownicy placówki zbierali liczne informacje o przygotowaniach wojennych w Wolnym Mieście. Jeszcze w sierpniu 1939 Komisarz, zgodnie z przyjętym zwyczajem, wizytował pancernik „Schleswig-Holstein”Tak opisywał tę chwilę w swoich wspomnieniach: Była to chyba najcięższa chwila mojego życia, to przejście dwukrotne pod lufami ciężkich dział okrętowych, a potem kieliszek szampana przy akompaniamencie drwiących uśmieszków smarkatych oficerków. cytat w: G.