W 1615 odzyskał z rąk luterańskich kościół w Pleszewie i go odbudował.
Zmarł 18 września 1627Włodzimierz Dworzaczek, Genealogia..., oraz Maria B. Topolska, Czarnkowski Adam..., s. 216, jako rok zgonu przyjmują 1628. Wanda Dobrowolska, Czarnkowski z Czarnkowa..., s. 214, czas zgonu określa na koniec roku 1627. Dokładną datę podaje Eustachy Marylski, Wspomnienia zgonu zasłużonych w narodzie Polaków, Warszawa 1829, s. 199, za nim przyjmuje praca Urzędnicy wielkopolscy XVI–XVIII wieku. Spisy, opracował Adam Bieniaszewski, Wrocław 1987, s. 165, nr 1186. w Kaliszu w wieku 72 lat, ceremonie pogrzebowe odbyły się 3 IV w Poznaniu, natomiast 5 IV został pochowany w kościele farnym w Czarnkowie. Został złożony w podziemiach kaplicy Biczowania Pana Jezusa w cynowym sarkofagu wykonanym przez poznańskiego konwisarza Jakuba Kanadeja. Wyryto na nim 6 medalionów przedstawiających czyny wojenne Czarnkowskiego oraz zamieszczono portret zmarłego namalowany na miedzianej blasze prawdopodobnie przez Macieja, nadwornego malarza Czarnkowskich. W latach 1925–1926 dokonano konserwacji sarkofagu i dorobiono brakujące wieko. Na pogrzebie mowę wygłosił kaznodzieja jezuicki Mateusz Bembus oraz dominikanin Jacek Choryński.