W 1573 roku, ku zaskoczeniu dynastii Habsburgów, został wysunięty przez część szlachty i magnaterii jako kandydat do korony polskiej. Sprzyjali mu między innymi królewna polska, Anna Jagiellonka i wojewoda poznański, Stanisław Górka. Wilhelm z Rožemberku nie odważył się jednak zdradzić swoich mocodawców i nie podjął żadnych samodzielnych działań wbrew wytycznym dworu wiedeńskiego. Podczas elekcji promował kandydaturę arcyksięcia Ernesta Habsburga.
Podczas elekcji w 1575 roku Wilhelm z Rožemberku ponownie posłował do Rzeczypospolitej. Był odpowiedzialny za zjednywanie szlachty dla kandydatury cesarza Maksymiliana II Habsburga. Również wtedy stał się popularny i ponownie znalazł się wśród kandydatów do polskiego tronu. Popierali go Stanisław Szafraniec i Andrzej Firlej. Jego osobę na elekcji wysunął wojewoda krakowski, Piotr Zborowski. Podjęte zostały nawet rokowania między Habsburgami i Zborowskimi w kwestii ustąpienia cesarza na rzecz czeskiego szlachcica. Ostatecznie plan ten upadł z powodu podwójnej elekcji cesarza Maksymiliana II i księcia Stefana Batorego.
Za zasługi dla dynastii Habsburgów król Filip II nadał mu Order Złotego Runa. Został nim udekorowany 3 lipca 1585 roku w katedrze św. Wita w Pradze.