Od tej pory Aristide Cavaillé-Coll uważany był za najnowocześniejszego i najważniejszego budowniczego organów we Francji.
Organy w paryskim kościele de la Madeleine i ślub thumb|175px|Projekt organów do kościoła de la Madeleine w Paryżu W 1846 roku budowa organów w kościele de la Madeleine w Paryżu wyznaczyła kolejny punkt zwrotny w twórczości Cavaillé-Colla, który ku wielkiemu zdumieniu paryskiego świata muzycznego zrezygnował z głosów alikwotowych. Wbrew zaleceniom ekspertów zrezygnował także ze stroików, które w owym czasie, zwłaszcza w Niemczech, cieszyły się dużym uznaniem. Pożądaną romantyczną ekspresyjność miał osiągnąć za to manuał zamykany w szafie ekspresyjnej.
Nowe organy Cavaillé-Colla wywołały ogrom kontrowersji we wśród światowych organmistrzów i organistów. Przyznawano wprawdzie Cavaillé-Collowi wysoki poziom kunsztu i umiejętności technicznych, ale uważano, że głosy naśladujące instrumenty orkiestrowe nie powinny być używane w kościołach. Francuski organista Félix Danjou opisując brzmienie nowych organów stwierdził, że nabożeństwo nie wymaga powtórzenia tego cudu, który zburzył mury Jerycha.