W schizofrenii wyróżniał zespoły: inkoherencyjny, hebefreniczny, paranoidalny i katatoniczny, których charakterystyczne objawy mają wynikać ze stępienia określonych popędów (inkoherencja wynika z osłabienia popędu poznawczego, katatonia z osłabienia popędu kinestetycznego, stępienie uczuć wyższych z osłabienia popędu syntonicznego). Uważał, że schizofrenia jest jedynym stanem wynikającym z prawdziwej i bezpośredniej dyssolucji czynności psychicznychKorzeniowski L. Teoria Mazurkiewicza W: Encyklopedyczny słownik psychiatrii. Warszawa: PZWL, 1986 ss. 549-550.
W swojej monografii z 1902 roku przedstawił studium psychologiczne Andrzeja Towiańskiego.
thumb|240px|Tablica upamiętniająca Jana Mazurkiewicza w budynku dyrekcji szpitala w Tworkach Uznanie Jest uznawany za twórcę polskiej psychofizjologiiTadeusz Zakrzewski. Jan Mazurkiewicz W: Polski Słownik Biograficzny, Tom 20 ss. 310-311 i jednego z twórców psychiatrii polskiej w ogóle. Obok Henri Eya uważany jest za głównego przedstawiciela neojacksonizmu.