Równocześnie władca zezwolił na przystąpienie do wstępnych prac przygotowujących przebieg przyszłego Soboru Biskupów, bez ustalenia jego daty. 27 grudnia 1905 pod patronatem cara powstał komitet przygotowujący oficjalny ukaz informujący o planowanym soborze oraz sam porządek jego przyszłych obrad. Komitetem kierowali metropolita petersburski Antoni, metropolita moskiewski Włodzimierz oraz metropolita Flawian. Wszyscy trzej zgadzali się co do konieczności likwidacji Świątobliwego Synodu Rządzącego i przywrócenia w Cerkwi rosyjskiej patriarchatu. W toku posiedzeń trwających od marca do grudnia 1906 komitet kierowany przez trzech metropolitów przeprowadził wszystkie niezbędne prace przygotowawcze przed zwołaniem soboru i opracował dokumenty, nad którymi mieli dyskutować jego uczestnicy. Jednak 25 kwietnia 1907 Mikołaj II po zapoznaniu się z wynikami prac komitetu stwierdził, że nie nastąpił jeszcze odpowiedni moment na zmiany w Rosyjskim Kościele PrawosławnymZ powodu niechęci cara Mikołaja II wobec instytucji soboru miał on miejsce dopiero po rewolucji lutowej. Por. .