W 2009 metropolita skrytykował stanowisko Patriarchatu Konstantynopolitańskiego w kwestii organizacji Kościoła prawosławnego w Stanach Zjednoczonych, określając patriarchat jako „zdominowany przez islam”. Z wypowiedzi tej następnie wycofał się. Jest również zdecydowanym przeciwnikiem legalizacji związków homoseksualnych i aborcji, opowiadał się za szerszą aktywnością społeczną Kościoła.
W lutym 2011 metropolita udał się na dwumiesięczny urlop, rezygnując równocześnie z funkcji locum tenens diecezji Południa i diecezji Środkowego Zachodu. Swoje zadania przekazał tymczasowo najstarszemu z hierarchów, arcybiskupowi Detroit NatanielowiHoly Synod Announces Changes. Wydarzenie to było wynikiem sporu z Synodem Kościoła. W maju 2011 powrócił do wykonywania obowiązkówHoly Synod Minutes now posted on OCA web site. 9 lipca 2012 metropolita Jonasz złożył na ręce Synodu Kościoła swoją rezygnację z urzędu jego zwierzchnika. Stwierdził, iż już wcześniej zrozumiał, że nie posiada cech niezbędnych do kierowania Kościołem i poprosił o wyznaczenie mu innej katedry biskupiejMetropolitan Jonah tenders resignation.