W 2018 w klubie doszło do kilku zmian kadrowych. Z drużyny odeszli Arkadiusz Galewski, Filip Jarosz i Edin Tatar, a dołączyli do niej Piotr Adamczak, Arciom Padasinau, Maciej Pilitowski i Błażej Potocki. W pierwszej części sezonu 2018/2019 MKS rozczarował swoją postawą – w 14 rozegranych meczach odniósł tylko trzy zwycięstwa (pokonał Stal Mielec, Chrobrego Głogów i Pogoń Szczecin). Poskutkowało to zmianą trenera – w styczniu 2019 Pawła Ruska zastąpił Szwed Patrik Liljestrand. Pod wodzą nowego szkoleniowca kaliski zespół zaczął prezentować się lepiej. Do końca rundy zasadniczej wygrał sześć z 12 meczów, w tym w 26. kolejce pokonał wyżej notowany MMTS Kwidzyn po serii rzutów karnych (23:23; k. 4:2). Lepsze wyniki w rundzie rewanżowej nie pozwoliły jednak MKS-owi wydostać się z dolnej część tabeli. Z dorobkiem 26 punktów zespół zakończył fazę zasadniczą na 11. pozycji. W połowie kwietnia 2019 kaliska drużyna wraz z pięcioma innymi zespołami przystąpiła do rywalizacji o utrzymanie. W fazie spadkowej odniosła osiem zwycięstw w 10 meczach, kończąc zmagania na 1. miejscu i bezpiecznie utrzymując się w Superlidze. Najlepszymi strzelcami MKS-u byli: Marek Szpera (144 bramki), Michał Drej (142 bramki) i Kirył Kniazieu (123 bramki).