Według wyników Regiera i innych z 2005 roku oraz Regiera i innych z 2010 roku tworzą z siostrzanymi łopatonogami klad Xenocarida. Według wyników i innych z 2013 zajmują pozycję siostrzaną do skrzelonogów, tworząc z nimi klad siostrzany dla Labiocarida. W wynikach z 2013 zajęły pozycję bazalną w grupie obejmującej też pancerzowce, i . Według analiz i innych z 2017 oraz i innych z 2019 zajmują pozycję bazalną wśród Allotriocarida, stanowiąc grupę siostrzaną dla kladu obejmującego skrzelonogi i Labiocarida, nazwanego w drugiej z tych prac Athalassocarida.
Gromada podkowiastogłowych obejmuje rząd Brachypoda z rodziną Hutchinsoniellidae, do której zaliczane są rodzaje: Knox & Fenwick, 1977 Hessler & Wakabara, 2000 Sanders, 1955 Jones, 1961 Shiino, 1965
Przypisy