Organy przeniesione zostały do katedry. W klasztorze natomiast urządzono prawosławną niższą szkołę duchowną.
thumb|left|200px|Zdjęcie kościoła z 1914 roku Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości kościół i klasztor zostały w 1919 odebrane Cerkwi prawosławnej. Budynek kościoła został przekazany Kościołowi greckokatolickiemu. Część budynków poklasztornych natomiast przekazano Seminarium Nauczycielskiemu, a pozostałą część – Uniwersytetowi Wileńskiemu, który zorganizował w nich bursę męską, stołówkę i siedziby różnych organizacji młodzieży akademickiej.
Po 1945 kościół augustianów, podobnie jak większość świątyń wileńskich, został zamknięty i przez dziesięciolecia niszczał. Wg wspomnień Vladasa Drėmy wnętrza kościoła zostały zniszczone na polecenie litewskiego architekta Jonasa Glemžy. Po upadku komunizmu i odzyskaniu przez Litwę niepodległości w 1990 dla kościoła nie udało się znaleźć użytkownika, więc niszczał on dalej, podobnie jak budynek byłego klasztoru. W 1992 r. kościół został przekazany Litewskiemu Katolickiemu Związku Kobiet. Od 2006 r. budynkiem zarządzało Ministerstwo Edukacji, Nauki i Sportu, a od 2017 r. Ministerstwo Spraw Wewnętrznych Republiki Litewskiej. Jesienią 2017 r. zakończono restaurację wschodniego budynku klasztoru przy ul. Bokszto, w którym otwarto siedzibę Europejskiego Uniwersytetu Humanistycznego.