Były dowódca wojsk UPDA, Odong Latek przekonał Kony'ego do porzucenia ataków przez oddziały w formacji krzyża na rzecz standardowej taktyki wojskowej. Zmiana taktyki przyniosła UHSA kilka małych, ale znaczących zwycięstw nad NRA. Po kilku klęskach NRA rozpoczęła kampanie pod nazwą „Operacja Północ” – obejmującą działania polityczne i wojskowe wymierzone przeciwko UHSA.
Do 1992 roku, Kony zmienił nazwę grupy na „Uganda Peoples' Democratic Christian Army” (UPDCA), porywając w tym samym czasie 44 dziewczęta ze szkoły misyjnej. Operacja Północ była druzgocąca dla powstającej Bożej Armii Oporu, liczność grupy drastycznie się zmniejszyła. Mimo osłabienia nadal prowadzono odwetowe ataki na cywilów i współpracowników NRA.
Rozmowy pokojowe w 1993 roku ujawniły szerzej wierzenia Josepha Kony'ego jak i jego zwolenników. Betty Bigombe, Ugandyjska polityczka, pamięta, że gdy po raz pierwszy spotkała Kony'ego, jego ludzie używali wody święconej do ochrony przed kulami i złymi duchami. Ponadto w piśmie dotyczącym przyszłych rozmów, Kony oświadczył, że musi skonsultować się z Duchem Świętym. Podczas rozmów delegacja rebeliantów nalegała na udział dostojników religijnych, rozpoczynając negocjacje od modlitwy prowadzonej przez głównego „kapłana” LRA – Jenaro Bongomiego.