Jerzmanowice posiadają dwa kościoły: parafialny pw. św. Bartłomieja Apostoła oraz dawny kościół szpitalny pw. św. Jana Chrzciciela „Na Gościńcu”. Kościół św. Bartłomieja był pierwotnie drewniany, zbudowany za panowania Kazimierza Wielkiego w 1338. Obecny pochodzi z lat 1827–1830, rozbudowany w 1876. Kościół św. Jana Chrzciciela wzniesiony został wraz ze szpitalem dla ubogich w 1696 z fundacji Jana Sroczyńskiego, uczestnika Odsieczy Wiedeńskiej. W 1529 w przegińskim kościele proboszczem był Marcin Biem z Olkusza – słynny astronom i współtwórca kalendarza gregoriańskiego.
Świadkowie Jehowy Wyznawcy zamieszkujący zachodnią część gminy należą obecnie do jednego ze zborów olkuskich, a ze wschodniej części gminy do krakowskich. Działalność rozpowszechniła się po II wojnie światowej. Powstała pierwsza grupa wyznawców w Racławicach.
Dawne grupy wyznawców Kalwinizm: Stanisław Szafraniec, wojewoda, kasztelan, był rzecznikiem tolerancji religijnej i ograniczeniem uprawnień Kościoła katolickiego. Brał czynny udział w życiu małopolskiego kościoła protestanckiego.