nie udało mu się wygrać konkursu na profesora sanskrytologii, lecz później został pierwszym w historii Oksfordu profesorem teologii porównawczej All Souls College (1868-1875).
Współpracownikiem Müllera w dziedzinie religioznawstwa porównawczego był James Legge, autor pierwszego kompleksowego tłumaczenia chińskich ksiąg klasycznych na angielski.
thumb|Portret Maxa Müllera w wieku starszym, pędzla George’a Fredericka Wattsa, 1894-1895
Müller podjął próbę sformułowania filozofii religii, która odnosiłaby się do kryzysu wiary zrodzonego, z jednej strony, przez historyczne i krytyczne badania religii prowadzone przez niemieckich uczonych, a z drugiej przez darwinizm. Müller był nieufny wobec badań Darwina nad ewolucją człowieka i atakował jego pogląd na rozwój umiejętności człowieka. Jego dzieło podjęli komentatorzy zjawisk kultury, jak jego przyjaciel John Ruskin, który widział w nim właściwą odpowiedź na ówczesny kryzys (patrz Dover Beach Matthew Arnolda). Analizował różne mitologie jako racjonalizacje zjawisk natury, prapoczątki, które można by nazwać „protonauką” w ramach ewolucji kultury.