Müller uważał, że należy badać najstarsze dokumenty kultury wedyjskiej, aby znaleźć klucz do zrozumienia rozwoju europejskich religii pogańskich oraz do wierzeń religijnych w ogóle. To chciał osiągnąć, starając się zrozumieć najstarsze pisma wedyjskie, RygwedęMüller, F. Max, Rig-Veda-Samhita: The Sacred Hymns of the Brahmans..
Wielkie wrażenie na Müllerze wywarł żyjący w tych samych czasach Śri Ramakryszna Paramahansa, rzecznik filozofii Wedanty. Müller poświęcił mu kilka esejów i książekVedanta Society of New York: Ramakrishna..
W 1907 r. jedna ze współczesnych Müllerowi, D. Menant, opublikowała pracę omawiającą wykład Müllera z 1878 roku inaugurujący tzw. „Hibbert Lectures” („wykłady Hibbertowskie”). Stwierdziła w niej, że to właśnie Müller i reformator społeczny Behramji Malabari (1853–1912) odegrali kluczową rolę w zainicjowaniu debaty na temat małżeństw między dziećmi i kwestii możliwości ponownego wychodzenia za mąż przez wdowy w Indiach.
W 1881 r. Müller opublikował tłumaczenie pierwszego wydania Krytyki czystego rozumu Kanta. Zgadzał się z Schopenhauerem, że to właśnie wydanie najrzetelniej i najbardziej bezpośrednio oddaje myśl Kanta. Jego tłumaczenie prostowało kilka omyłek popełnionych przez innych tłumaczy.
Do 1888 r.