Opactwo w Cluny szybko stało się autorytetem w Kościele i zarzewiem jego reformy, zwanej kluniacką (a w Niemczech od nazwy klasztoru w Hirsau – hirsaugijską). Reguła nastawiona na posługę religijną była tylko jednym z jej składników służącym odnowie moralnej kleru. Mnisi z Cluny postulowali również odejście od praktyk symonii, inwestytury na dobrach kościelnych należnej władzy świeckiej oraz od nikolaizmu.
Cesarstwo oczywiście nie było zbyt chętne do wyrzekania się wpływu na Kościół, a nikolaizm uważało za nieszkodliwą fanaberię duchownych, jednak w teorii popierało reformę, głównie przez wzgląd na niskie poważanie, jakim cieszył się zepsuty kler. Władza świecka niewiele jednak czyniła, by wspomóc wdrażanie działań naprawczych.
Sytuacja uległa zmianie dopiero, kiedy w 1048 Cesarz Henryk III ustanowił papieżem Leona IX, który będąc zaufanym Cesarza, sprzyjał sekretnie środowiskom zbliżonym do Cluny. Papież ten wykorzystał swoje dobre relacje z dworem cesarskim, by podnieść prestiż Kościoła, dzięki czemu jego następcy mogli wyzwolić się spod dominacji świeckiej.