Zgodnie z planem kompetencyjnym i strukturą organizacyjną z 15 sierpnia 1941 r. bydgoski urząd rejencyjny zatrudniał 55 referentów i 71 pracowników administracyjnych. Urząd prowadził politykę odbudowy i wzmocnienia niemczyzny poprzez dyskryminację ludności polskiej i uprzywilejowanie ludności niemieckiej. Prowadzono także germanizację ludności polskiej poprzez wpisy na Niemiecką Listę Narodową.
Mimo usytuowania siedziby rejencji w Bydgoszczy, większość placówek szczebla powiatowego działających w okręgu bydgoskim podlegała ogniwom pośrednim administracji specjalnej zlokalizowanym poza rejencją, głównie w Gdańsku, ale także w Kwidzynie, Grudziądzu lub nawet w Chojnicach.
Spośród jednostek, których rejon kompetencji wykraczał poza obszar rejencji, należały m.in.: Kierownicza Placówka Tajnej Policji Państwowej (niem. Geheime Staatspolizeileitstelle) - w 1943 r. rozciągnęła swoje kompetencje na kilka powiatów wchodzących w skład rejencji kwidzyńskiej, Kierownicza Placówka Policji Kryminalnej (niem. Kriminalpolizeileitstelle), Sąd Okręgowy (niem. Landgericht), Urząd Gospodarki wodnej (niem. Wasserwirtschaftsamt), Urząd Rzeszy ds. Budowy Dróg (niem.