Kościół zbudowano na nowo staraniem bogatego mieszczanina krakowskiego Jana Sroczyńskiego jako wotum za zwycięstwo w bitwie pod Wiedniem. Fundację rozpoczęto w 1684, w 1686 potwierdził ją król Jan III Sobieski nadając świątyni przywileje (m.in. uposażenie na żupie wielickiej). Konsekracja nastąpiła w 1687 lub 1691. Do budowy wykorzystano pozostałe z poprzedniej świątyni mury, na co wskazują gotyckie szkarpy. Kościół zbudowany był na planie prostokąta, wyposażony w trzy ołtarze. W kościele znajdowały się marmurowe pomniki Jana III Sobieskiego i Sroczyńskiego przedstawionych wraz z małżonkami. Fasada była trójosiowa, dwukondygnacjowa zdobiona pilastrami i niszami oraz zwieńczona trójkątnym przyczółkiem. Na osi fasady mieścił się boniowany, arkadowy portal. Dach zwieńczono sygnaturką, wewnątrz znalazł się także nagrobek fundatora. Podobieństwo do pobliskiego kościoła wizytek pozwala przypuszczać, że autorem projektu kościoła był twórca tamtej świątyni Jan Solari.