W marcu 2009 papież Benedykt XVI podjął decyzję o kontroli zgromadzenia ze względu na ujawnione i budzące kontrowersje fakty. Wizytatorami apostolskimi prowadzącymi od 15 lipca 2009 kontrolę w zgromadzeniu byli biskupi: Ricardo Watty Urquidi (Meksyk), Charles Chaput (USA), Giuseppe Versaldi (Włochy), Ricardo Ezzati Andrello (Chile) oraz Ricardo Blázquez (Hiszpania).
Wizytatorzy w swoim oświadczeniu w kwietniu 2010 przyznali, że Marcial Maciel dopuścił się skandalu najcięższego i obiektywnie niemoralnego zachowania, prawdziwych przestępstw i prowadził życie pozbawione skrupułów i autentycznych uczuć religijnychtvn.24, PAP..
9 lipca 2010 Velasio De Paolis wyznaczony został przez papieża na jego delegata ds. Legionu Chrystusa o bardzo szerokim zakresie władzy wobec zgromadzenia.
21 grudnia 2019 Legion Chrystusa opublikował raport zatytułowany „Raport 1941–2019 na temat fenomenu przemocy seksualnej wobec nieletnich w Legionie Chrystusa od jego założenia do dnia dzisiejszego”, według którego 33 księży Legionu w latach 1941–2019 wykorzystało seksualnie 175 ofiar, a 60 z nich sam założyciel – Marcial Maciel Degollado.