W 1996 dołączył do Socjalistycznej Partii Albanii, w tym samym miesiącu przewodniczący postkomunistów Fatos Nano, odbywający wówczas karę pozbawienia wolności za korupcję, wyznaczył go na sekretarza generalnego partii. Stanowisko to zajmował do 1997.
Przedterminowe wybory w 1997, przeprowadzone po wydarzeniach albańskiej rewolucji piramidowej, zakończyły się zdecydowanym zwycięstwem socjalistów. Rexhep Meidani uzyskał wówczas mandat deputowanego do Zgromadzenia Albanii. W lipcu 1997 parlament większością 110 głosów wybrał go na urząd prezydenta. Zastąpił Salego Berishę, który zrezygnował ze stanowiska. Funkcję tę pełnił od 24 lipca 2002 do 24 lipca 2007. Nowa konstytucja z 1998 ograniczyła uprawnienia głowy państwa. Rexhep Meidani starał się odegrać rolę mediatora w kryzysie politycznym wywołanym w 1998 zamordowaniem demokratycznego posła Azema Hajdariego. Okres jego prezydentury przypadł też na wojnę w Kosowie – sam opowiedział się za szeroką autonomią Kosowa, a następnie za jego niepodległością.
Powrócił do pracy naukowej, w 2003 uzyskał członkostwo w Akademii Nauk Albanii.