Ponadto Kennedy odkrył, że w guzach fosforan był włączany w strukturę białek znacznie efektywniej niż w inne biocząsteczki co, jak wnioskował, oznaczało szczególnie ważną, biologiczną rolę fosforylacji białek. W toku dalszych badań Kennedy ustalił, że to reszta serynowa jest aminokwasem podlegającym fosforylacji w białkach. Kontynuując badania w tym kierunku, Kennedy wraz z George’em Burnettem rozpoczęli poszukiwania enzymu przeprowadzającego reakcję fosforylacji białek i odkryli, że może on być wyekstrahowany w formie rozpuszczalnej w wodzie z preparatów białek wytrącanych acetonem, a następnie częściowo oczyszczony za pomocą frakcjonowania siarczanem amonu. Enzym ten wykazywał szczególnie dużą specyficznością wobec kazeiny. Była to pierwsza eksperymentalna prezentacja aktywności kinazy białkowej.
W dalszych latach Kennedy podjął badania nad genezą wiązania fosfodiestrowego w fosfatydylocholinie (PC) z użyciem znakowanej choliny, których właściwym celem było przybliżenie mechanizmów tworzenia się wiązań fosfodiestrowych w DNA. Pierwszym wynikiem Kennedy’ego było odkrycie, że produktem pośrednim w syntezie PC jest 3-fosfoglicerol, co w rezultacie doprowadziło do odkrycia przez niego enzymu kinazy glicerolowej.