W czasach zaborów władze austriackie, które przejęły majątki królewskie, częściowo odremontowały zamek, aby wykorzystać go na biura policji. W sierpniu 1813 r. potężna powódź podmyła zamkową skarpę, w wyniku czego do Dunajca osunęło się zachodnie skrzydło zamku. Pozostałą część zaadaptowano w 1838 na koszary i magazyny wojskowe, a w 1846 r. przekształcono na więzienie. W 1848 r. rząd sprzedał zamek miastu, które z powodu braku pieniędzy na remont wynajęło go wojsku austriackiemu z przeznaczeniem na magazyny mundurów i broni.
Do częściowej odbudowy ruin zamku z restauracją baszty doszło w 1905 r. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości prowadzone były dalsze prace konserwatorskie zakończone w 1938 r. otwarciem w murach zamku Muzeum Ziemi Sądeckiej.
W czasie okupacji Niemcy zamienili zamek w koszary i skład amunicji. W 1945 r. kilku żołnierzy Batalionów Chłopskich pod dowództwem Tadeusza Dymela wysadzilło niemiecki skład amunicji zmagazynowanej na zamku, na skutek czego zabytek ten uległ prawie całkowitemu zniszczeniu.
W latach 50.