Badania pszenicy W 1875 uzyskał uprawnienia geodety i podjął pracę w Departamencie Ziem rządu kolonialnego. Został skierowany do pracy w części Nowej Południowej Walii, gdzie uprawiano pszenicę. W 1882 poślubił jedyną córkę Leopolda Fane’a de Salisa, zamożnego posiadacza ziemskiego i członka parlamentu kolonii. Cztery lata później otrzymał od teścia 97 hektarów ziemi. Początkowo próbował założyć tam winnicę, ale szybko uznał, że gleba na jego włościach bardziej sprzyja pszenicy.
Pszenica były wówczas w Australii masowo niszczona przez choroby wywoływane przez grzyby, co poważnie ograniczało skalę upraw. Farrer wykorzystał swoją wiedzę naukową, aby poprzez krzyżowanie różnych odmian wyhodować odmianę odporną na szkodliwe grzyby. Prowadził swoje badania i eksperymenty przez ok. 20 lat, stopniowo otrzymując odmiany odporne na różne negatywne czynniki występujące w Australii. Od 1898 jego prace finansowane były ze środków Departamentu Rolnictwa Nowej Południowej Walii. W 1903 najsłynniejsza z uzyskanych przez niego odmian – nazwana odmianą Federacji na cześć powstałego w 1901 Związku Australijskiego – została udostępniona wszystkim chętnym farmerom.