Zaręczyła się i wyszła za mąż jako młoda dziewczyna - 7 lutego 1506 poślubiła kupca korzennego Jakoba Rechbergera. Ojciec formalnie wydziedziczył Margarete 18 lutego 1506 - najprawdopodobniej przyczyną tego było właśnie jej małżeństwo. W 1507 rodzina pogodziła się jednak, a ojciec przyznał zaś córce posag w wysokości pięciuset florenów. Margarete i Jakob mieli wiele dzieci, z których kilkoro zmarło we wczesnym dzieciństwie.
Charakter Margarete cechowała zawsze silna chęć pomagania innym ludziom. Szczególnie silnie przywiązana była do swojego młodszego brata Bonifaciusa, z którym się wychowywała - Bonifacius nie zawsze jednak darzył ją równie silnym uczuciem. Gdy wrócił z Awinionu, przez pewien czas mieszkał w domu Rechbergerów.
Zmarła w czasie zarazy.
Korespondencja
Listy rodziny Amerbachów jako całość stanowią interesujące dokumenty mówiące o życiu codziennym w okresie renesansu. Także korespondencja Margarete Amerbach stanowi istotne źródło dla dziejów rodu Amerbachów. Jej własne listy odznaczają się dużymi walorami literackimi, pisane są żywym, potoczystym dialektem alemańskim. Zachowały się także listy, które pisała w dzieciństwie, jako ośmiolatka - np. list, w którym pisze do matki z prośbą o nowe buty i ubrania.