Po trzyletnim brutalnym śledztwie prowadzonym pod bezpośrednim nadzorem NKWD, wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie z 14 października 1950 roku skazany na dwukrotną karę śmierci.
Tak mówił o śledztwie podczas rozprawy IV Prezes WiN (Łukasz Ciepliński):
W czasie śledztwa leżałem skatowany w kałuży własnej krwi. Mój stan psychiczny był w tych warunkach taki, że nie mogłem sobie zdawać sprawy z tego, co pisał oficer śledczy.
Zamordowany strzałem w tył głowy 1 marca 1951 roku w więzieniu mokotowskim, wraz z innymi oficerami, członkami IV zarządu WiN.
17 września 1994 roku w 55. rocznicę agresji ZSRR na Polskę odbył się jego symboliczny pogrzeb na cmentarzu w Kolbuszowej. Uroczystość poświęcono też jego młodszemu bratu Augustowi (ur. 1919), poległemu jako żołnierz Armii Krajowej w czasie akcji Burza 27 sierpnia 1944 roku. Inny z braci Batorych Stefan (ur.