Po roku 1500 drukarnię prowadził razem z Johannesem Frobenem i Johannesem Petri. Sukcesorem Amerbacha jako drukarza był przede wszystkim jego uczeń Froben, synowie tylko krótko trudnili się tym zawodem. Drukarnia Amerbacha przygotowywała dzieła wielkiego formatu, prócz doktorów Kościoła np. Pismo Święte z glosami i postyllami (na zlecenie Antoniusa Kobergera) czy wydanie prawa kanonicznego (Corpus juris canonici). Amerbach zmarł zanim zakończył edycję św. Hieronima – prace były jednak już na tyle zaawansowane, że z pomocą Erazma Froben mógł je wydac już w roku 1516.
Korespondencja rodu Amerbachów jest cennym źródłem historycznym. Amerbachkorrespondenz, jej monumentalne wydanie (liczące do tej pory dziesięć tomów w dwunastu woluminach, wciąż nieukończone) ukazuje się od 1942 roku. Obszerny wybór listów Johanna Amerbacha oraz jego rodziny i współpracowników dostępny jest także w przekładzie angielskim Barbary C. Halporn The Correspondence of Johann Amerbach. Early Printtings in Social Context (Ann Arbor 2000), z przedmową i rozległymi komentarzami tłumaczki.