Władze Federacji Najwyższą władzą MFZZ był kongres, zwoływany co dwa lata.Do 1939 odbyło się dziewięć kongresów: 28 lipca – 2 sierpnia 1919 I Kongres w Amsterdamie; 22 - 27 listopada 1920 – Nadzwyczajny Kongres w Londynie; 20 – 26 kwietnia 1922 – II Kongres w Rzymie; 2 – 6 czerwca 1924 – III Kongres w Wiedniu; 1 – 6 sierpnia 1927 – IV Kongres w Paryżu; 7 – lipca 1930 – V Kongres w Sztokholmie; 30 lipca – 3 sierpnia 1933 – VI Kongres w Brukseli; 8 – 11 lipca 1936 – VI Kongres w Londynie; 5 – 8 lipca 1939 – VIII Kongres w Paryżu.

Pomiędzy Kongresami Federacją zarządzało Biuro MFZZ, składające się z przewodniczącego, dwóch zastępców,skarbnika i sekretarza redaktora, zaś od 1922 dodatkowo zastępca sekretarza. Od 1924 funkcjonowało 3 zastępców i 3 sekretarzy. Biuro spotykało się raz w miesiącu. Od 1924 Biuro otrzymało nazwę zarządu.

Władzę natomiast sprawował Zarząd MFZZ (od 1924 pod nazwą Rada Generalna) składający się z: członków Biura oraz przewodniczących dziesięciu grup narodowych. Zarząd spotykał się dwa razy w roku. Zarówno Biuro jak i Zarząd wybierane były przez Kongres.