Janem Leśniakiem został przydzielony do zespołu opracowującego studium „Niemcy”, dotyczącego zbrojeń III Rzeszy. 28 lutego 1939, po powrocie do kraju, rozpoczął staż na stanowisku dowódcy I batalionu 20 pułku piechoty Ziemi Krakowskiej.

23 marca 1939 otrzymał przydział mobilizacyjny do Oddziału II Sztabu Armii „Kraków”, mającej bronić południowo-zachodniej granicy Polski, na stanowisko szefa Wydziału Ewidencyjnego. Na tym stanowisku rozpoczął kampanię wrześniową. 13 września został szefem Oddziału II Sztabu Armii „Kraków”. Wziął udział w walkach toczonych przez armię od 1 do 20 września. Po bitwie pod Tomaszowem Lubelskim w wyniku kapitulacji dostał się do niewoli niemieckiej.

W niewoli 20 września 1939 został wzięty do niewoli i przebywał w niej do zakończenia działań wojennych w Europie. Z obozu przejściowego w Krakowie skierowany został do Oflagu VII A Murnau. 17 stycznia 1940 razem z gen. dyw. Tadeuszem Piskorem i pięcioma oficerami przeniesiony został karnie do Oflagu VIII B Silberberg (Srebrna Góra). 30 października 1940 trafił do Oflagu IV C Colditz. W maju 1942 przeniesiony został do Oflagu X C Lübeck, a 15 sierpnia 1944 do Oflagu VI B Dössel.