Następnie dotarł do Starej Wsi pod Węgrowem. Ukrywał się na fałszywych dokumentach wyrobionych na nazwisko Tadeusz Perzyński (zawód ogrodnik)Odszedł.... Tam też, w szkole z internatem, istniejącej przy zakonie sióstr Zmartwychwstanek, pomagał w opiece nad sierotami z Warszawy, ucząc religii, łaciny i innych przedmiotów.
Godnym pochwały wydaje się fakt podjęcia przez ks. Pecolta i sióstr Zmartwychwstanek wielkiego ryzyka w postaci decyzji o ukrywaniu dziewięciu małych Żydówek, dzięki czemu udało się uratować im życie. Na znak podzięki i pamięci wobec czynu ks. Pecolta w ogrodzie Instytutu Pamięci Męczenników i Bohaterów Holocaustu Jad Waszem w Jerozolimie posadzono trzy drzewka i położono tablicę ze stosownym napisem.
Po zakończeniu działań wojennych ks. Pecolt wrócił do swej macierzystej diecezji. Następnie został oddelegowany na posługę wikariusza i katechety w Sulejowie. W 1947 przeniesiony do Piotrkowa Trybunalskiego. Tam też w 1948 został rektorem kościoła Panien Dominikanek oraz prefektem w żeńskim gimnazjum Zrzeszenie i III Liceum Ogólnokształcącym.