Klub Sportowy „MZKS” Przasnysz pod tą nazwą działał od roku 1982 do 2000. W latach 1980–2000 klubem „ZWAR” i „MZKS” kierowali: Stanisław Zadrożny, Czesław Stupienko, Tadeusz Łada, Marek Purzycki, Zbigniew Czaplicki, Leon Jabłonowski, Jerzy Kondewicz, Bogdan Bulicki, Tadeusz Kania. W sezonie 1998/1999 Klub sportowy „MZKS” awansował do IV ligi. W roku 2000 zespół zmienił nazwę na obecną – „MKS” Przasnysz. W roku 2003 po reorganizacji rozgrywek, MKS Przasnysz rozpoczął występy w lidze okręgowej. W roku 2004 prezesem klubu został Bogusław Postek, a zastępcą prezesa był Tadeusz Łada. Powstał też klub kibica. W roku 2008 klub świętował swoje 85-lecie. W tym samym czasie drużyna zajęła pierwsze miejsce w klasie okręgowej i od sezonu 2008/2009 występowała w IV lidze, do której awansowała po kilku latach występów w klasie okręgowej. 29 czerwca 2013 MKS Przasnysz obchodził jubileusz 90–lecia powstania, który odbył się w MDK w Przasnyszu.