Po przeprowadzonym postępowaniu administracyjnym Rada Wydziału Teologicznego Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie w dniu 29 października 2015 podjęła decyzję o utrzymaniu w mocy uchwały z dnia 17 czerwca 2004 o nadaniu Pawłowi Czarneckiemu stopnia naukowego doktora nauk teologicznych i zakończyła postępowanie w tej sprawieProtokół Posiedzenia Rady Wydziału Teologicznego Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie w dniu 29 października 2015. Wroński powtórzył zarzuty wobec Czarneckiego w 2024 r.
W lutym 2023 Paweł Czarnecki dokonał zakupu apartamentu w Warszawie o wartości 9 milionów złotych za pożyczkę od uczelni Collegium Humanum, której sam sobie udzielił, będąc rektorem. W tym samym czasie uczelnia dostała od Ministerstwa Edukacji i Nauki dotację w wysokości ponad 10,5 miliona złotych.
22 lutego 2024 został zatrzymany przez Centralne Biuro Antykorupcyjne. Prokuratura zarzuca mu popełnienie 57 przestępstw w tym m.in. przywłaszczenia mienia na szkodę uczelni, nakłaniania świadków do składania fałszywych zeznań oraz seksualnego wykorzystania stosunku zależności i znęcania się.