Od 1843 był dyrektorem Ogrodu Botanicznego, który pod jego rządami stał się jednym z czołowych ogrodów środkowej Europy. W latach 1843–50 już jako profesor zwyczajny (profesor historii naturalnej) pracował na Wydziale Lekarskim UJ, a w latach 1850–70 jako profesor zwyczajny botaniki na Wydziale Filozofii UJ.. Był także dziekanem Wydziału Filozoficznego UJ.
Czerwiakowski był rektorem UJ w roku akademickim 1862/63, po kadencji Józefa Dietla. Od 1842 był członkiem korespondentem Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, a od 1843 członkiem czynnym. Od 1872 był członkiem czynnym, powstałej z przekształcenia Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, Akademii Umiejętności, w latach 1875-1878 – jej wiceprezesem. W latach 1875–1878 Ignacy Rafał Czerwiakowski był dyrektorem Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego AU i współorganizatorem Komisji Fizjograficznej Akademii Umiejętności, w latach 1865-1866 i w 1873 – jej przewodniczący; w latach 1866-1869 i 1873-1877 – przewodniczącym Sekcji Botanicznej Komisji Fizjograficznej Akademii Umiejętności Członek korespondent Galicyjskiego Towarzystwa Gospodarskiego (1861-1882)Handbuch des Lemberger Sttathalterei-Gebietes in Galizien für das Jahr 1861, s. 402; 1862, s. 414; 1863, s. 425; 1864, s. 434; 1865, s. 447; 1866, s. 462; Galizisches Provinzial-Hanbuch für das Jahr 1868, s. 808; 1869, s.