Karę odbywał w więzieniu w Durrësie, gdzie mimo słabego zdrowia został zmuszony do ciężkiej pracy fizycznej. Zmarł w więzieniu w wyniku torturOwen Pearson, Albania in the Twentieth Century, A History: Volume III: Albania as Dictatorship and Democracy, 1945-99, I.B.Tauris 2006, s. 334. Jego doczesne szczątki umieszczono w kościele w Durrësie, skąd w 1967 zostały przeniesione na cmentarz miejski.
W swoim życiu napisał kilkanaście dzieł – od tomików wierszy, biografistyki, katechez, po zbiory esejów o tematyce polityczno-społecznej. Doskonała znajomość języka niemieckiego pozwoliła mu na tłumaczenie klasyków niemieckiego romantyzmu, lecz większość tłumaczeń pozostała w rękopisie. Był także współredaktorem pism katolickich – Hylli i Dritës oraz Zani i Shen Ndout. Przez całe życie zbierał teksty albańskich pieśni ludowych.
Jego beatyfikacja wraz z 37 towarzyszami odbyła się 5 listopada 2016 roku w Szkodrze, a uroczystościom przewodniczył kardynał Angelo Amato. Beatyfikacja duchownych, którzy zginęli "in odium fidei" została zaaprobowana przez papieża Franciszka 26 kwietnia 2016Pope Francis Approves Albanian Martyrs, Irish Jesuit For Beatification. Imię Prennushiego nosi jedna z ulic w Durrësie.