Thaçi był inicjatorem budowy nowych świątyń w diecezji szkoderskiej, a także kaplicy na katolickim cmentarzu Rrmajt w Szkodrze.
Po przejęciu władzy przez komunistów prowadził rozmowy z Sejfullą Maleshovą, który proponował mu utworzenie Partii Chrześcijańsko-Demokratycznej, w pełni lojalnej wobec komunistów. Rozmowy, które prowadził jako zwierzchnik Kościoła z Enverem Hodżą, dotyczącego nowego statusu wspólnoty zakończyły się niepowodzeniem. Thaçi sprzeciwił się zerwaniu przez Kościół albański związków ze Stolicą Apostolską i stworzeniu kościoła narodowego, za co został aresztowany. Powodem aresztowania mogła być też odmowa przyjęcia na audiencji Mehmeta Shehu, tuż po egzekucji grupy albańskich jezuitów. Pobyt w szkoderskim więzieniu spowodował gwałtowne pogorszenie stanu zdrowia, związane z cukrzycą, na którą cierpiał od dłuższego czasu. Po wyjściu z więzienia, ostatnie miesiące życia spędził w areszcie domowym. W pogrzebie, który odbył się 29 maja 1946 wzięło udział 1200 osób. Ciało Thaçiego spoczęło w katedrze szkoderskiej.