W 1967 decyzją władz komunistycznych w całym kraju zamknięto świątynie i ogłoszono Albanię krajem ateistycznym. 6 lutego grupa młodzieży komunistycznej uprowadziła abp Ernesto Çobę z jego rezydencji. Przyprowadzono go na główny plac Szkodry, gdzie został pobity kijami i znieważony. W tym samym roku zamieszkał z własną rodziną, nadal kontynuując w ukryciu działalność duszpasterską i utrzymując kontakty ze Stolicą Apostolską za pośrednictwem włoskiej ambasady w Tiranie. 29 kwietnia 1976 został aresztowany przez funkcjonariuszy Sigurimi i spędził rok w więzieniu czekając na proces. 29 kwietnia 1977 sąd okręgowy w Szkodrze skazał go na karę 25 lat więzienia za utrzymywanie nielegalnych kontaktów z Watykanem, za pośrednictwem ambasady włoskiej (w ambasadzie włoskiej siostra Çoby otrzymywała emeryturę po zmarłym mężu) i za prowadzenie agitacji przeciwko władzy ludowej. Karę odbywał początkowo w więzieniu w Ballshu. Pobity przez strażników więziennych trafił do szpitala więziennego w Tiranie, gdzie zmarł.
Po upadku komunizmu jego doczesne szczątki zostały