Podczas pandemii COVID-19, w lutym 2020 r. grupa robocza z Department of Science and Technology of Guangdong Province oraz Health Commission of Guangdong Province zaleciła podawanie chlorochiny osobom zakażonym w lekkich, średnich i ciężkich przypadkach zapalenia płuc wywołanych tym wirusem. Opublikowana w maju 2020 r. w The Lancet analiza wykazała niższą przeżywalność szpitalną u osób przyjmujących ten lek przy jednoczesnym wzroście ryzyka powikłań (zaburzenia rytmu serca), jednak publikacja ta została wkrótce wycofana przez autorów w wyniku krytyki odnośnie do jej poprawności i zaleceń niezależnych recenzentów.
W 2021 r. zespół pod kierunkiem Przemysława Jodłowskiego z Politechniki Krakowskiej zaproponował podawanie chlorochiny w matrycy cyrkonowych sieci metaloorganicznych, dzięki czemu ograniczone zostały efekty uboczne działania chlorochiny, jak arytmia i przerost mięśnia sercowego.