W nowym składzie In Flames odbył trasę koncertową po Europie oraz zagrał swoje dwa pierwsze koncerty w Japonii. Pod koniec tej trasy (1998) Engelin opuścił zespół.
W 1998 roku grupa zmieniła skład, Björn Gelotte zamienił funkcję perkusisty na gitarzysty, jego miejsce zajął Daniel Svensson. Tego samego roku grupa nagrała swój czwarty album, Colony. Materiał na płytę został zarejestrowany w Studio Fredman przy współpracy z Fredrikiem Nordströmem. Nowy album pojawił się na rynku w 1999 roku. W późniejszym czasie In Flames odwiedził Europę, Japonię oraz przy okazji Milwaukee Metal Fest po raz pierwszy zagrał koncert w USA.
W 2000 roku In Flames nagrał swój piąty album, Clayman. Tak jak poprzednie został on zarejestrowany w Studio Fredman przy współpracy z Fredrikiem Nordströmem. W późniejszym czasie muzycy z In Flames występowali podczas tras koncertowych z zespołami takimi jak: Dream Theater, Slipknot czy Testament. W sierpniu 2001 roku grupa wydała płytę The Tokyo Showdown, album live nagrany podczas trasy koncertowej po Japonii z listopada 2000 roku.