Osoby uznane za ateistów, do których zaliczano wczesnych chrześcijan i muzułmanów, były w wyniku tego celem prześladowań.

Od średniowiecza do współczesności W średniowieczu słowo ateista było określeniem obelżywym, używanym w stosunku do szerokiego spektrum ludzi, składającego się z innowierców, samobójców, osób niemoralnych lub pobłażliwych w stosunku do samych siebie, jak również przeciwników wiary w czarownictwo.

Filozofowie tacy jak Tomasz z Akwinu uważali, że przekonania ateistyczne zagrażały porządkowi i społeczeństwu. Thomas More, prawnik i uczony, twierdził, że tolerancja religijna powinna być rozszerzona na wszystkich poza tymi, którzy nie wierzyli w Boga lub niemoralność duszy. John Locke, twórca współczesnego pojęcia wolności religijnej, argumentował, że ateiści (jak również katolicy i muzułmanie) nie powinni otrzymywać pełni praw obywatelskich.

Wielu spośród oskarżonych o ateizm lub blasfemię w czasach Inkwizycji spotkała kara śmierci. Wśród nich był ksiądz Lucilio Vanini, którego uduszono i spalono w 1619 oraz polski szlachcic Kazimierz Łyszczyński, którego stracono w Warszawie, jak również Étienne Dolet, Francuz, którego stracono w 1546.