Dowództwo Początkowo dowództwo nad ISAF obejmowane było rotacyjnie co pół roku przez państwa w niej uczestniczące, jednak większość z nich niechętnie przyjmowała tę rolę. Podjęto decyzję o przekazaniu dowództwa Organizacji Traktatu Północnoatlantyckiego, co nastąpiło 11 sierpnia 2003. Była to pierwsza sytuacja, w której wojska NATO brały udział w operacji poza Ameryką Północną i Europą. Tego samego dnia Richard Burns, Ambasador Stanów Zjednoczonych Ameryki przy OTP, zaproponował na łamach Wall Street Journal, aby rozszerzyć zakres działania ISAF poza Kabul. Jednym z pomysłów było, by wojska ISAF współpracowały z amerykańskimi „zespołami odbudowy prowincji” (ang. Provincial Reconstruction Teams), które działały już poza Kabulem, starając się zaprowadzić porządek na terenie państwa. Rzecznik NATO Mark Laity oświadczył wówczas, iż ISAF będzie działała jedynie w ramach przyznanego jej mandatu, tj. tylko w rejonie Kabulu.