Wkrótce potem został przydzielony do należącej do JG III eskadry myśliwskiej Jagdstaffel 27.
Pierwsze zwycięstwo powietrzne odniósł 10 sierpnia 1918 roku nad samolotem Sopwith Dolphin z dywizjonu 87 RAF. Szybko stał się jednym z najlepszych pilotów Jagdstaffel 27, odnosząc w ciągu sześciu tygodni 13 potwierdzonych zwycięstw powietrznych (wliczając zestrzelenie 4 balonów obserwacyjnych). 27 września został przeniesiony do Jagdstaffel 6, gdzie służył do 19 października, odnosząc kolejna dwa zwycięstwa. Jednym z nich było zniszczenie kolejnego, piątego już, balonu obserwacyjnego. Dzięki niemu Noltenius uzyskał zaszczytny tytuł Balloon Buster (pogromcy balonów).
W związku z bardzo konfliktowym charakterem został przeniesiony do Jagdstaffel 11, w której służył do końca wojny, uzyskując 4 listopada ostatnie zestrzelenie. Wypełnił warunki uprawniające do otrzymania Pour le Mérite, ale przeszkodził w tym koniec wojny.
Po zakończeniu I wojny światowej Friedrich Theodor Noltenius brał udział w walkach z komunistami, a następnie pracował jako lekarz. W latach 1923–1933 razem z rodziną przebywał w Południowej Afryce.