Początkowo park obejmował 130 km² i był pierwszą tego typu formą ochrony przyrody w całym RFNGeschichte Nationalpark Bayerischer Wald.
Nowy park nie miał łatwego początku i dochodziło do wielu konfliktów, w szczególności z myśliwymi i leśniczymiBund Naturschutz in Bayern e.V.. Co więcej, wichura w 1972 roku zniszczyła część upraw leśnych i dyrektor zadecydował o pozostawieniu dziesiątej części do samodzielnego odnowienia bez udziału człowieka. Po kolejnym takim wydarzeniu dziesięć lat później zdecydowano się o pozostawieniu większej części lasu do naturalnego odrodzenia, a w 1986 roku zdecydowano się nie przeciwdziałać gradacji korników. W efekcie Park Narodowy Lasu Bawarskiego stał się unikalnym poletkiem eksperymentalnym, gdzie rozwinęło się nowoczesne niemieckie podejście do tzw. rozwojowych parków narodowych.