Równocześnie przystąpił do realizacji programu „fasola i karabiny” (frijoles y fusiles), który polegał na przesiedleniu tysięcy ludzi do nowych wiosek i zmuszania ich do udziału w patrolach wojskowych. W walce z lewicową partyzantką stosował taktykę spalonej ziemi. 8 sierpnia 1983 został obalony w wyniku zamachu stanu przez generała Mejíę Victoresa, który sam objął władzę. Reżim Montta jest odpowiedzialny za największe ludobójstwo w historii 36-letniej wojny domowej, która pochłonęła 200 tys. ofiar, w większości ludności majowskiej.
Do polityki próbował powrócić w 1989 roku, kiedy to koalicja partii prawicowych wysunęła jego kandydaturę w wyborach prezydenckich. Sąd odmówił jednak rejestracji jego kandydatury z powodu udziału w zamachu stanu z 1982 roku. 27 stycznia 2012 został formalnie oskarżony o ludobójstwo i zbrodnie przeciw ludzkości popełnione podczas wojny domowej w latach 1960–1996. 10 maja 2013 został skazany na 80 lat więzienia za ludobójstwo.
Efraín Ríos Montt zmarł w mieście Gwatemala 1 kwietnia 2018 na atak serca w wieku 91 lat.