Ten sam autor wspomina też, że usiłowano – ale nie przekonująco – łączyć nazwę miasta ze staropolskim wyrazem kścieć, kwcieć, czyli kwitnąć. Językoznawca Mikołaj Rudnicki wywodzi nazwę Kcynia od Kutjini zestawiając ją z kuca to jest chata, dom.
Legendy miejscowe łączą powstanie nazwy z wyłowieniem kotwicy, którą rzekomo miano odnaleźć w wodach Kcynki, czy też na bagnistych terenach, położonych na północ od dzisiejszego miasta.
Nazwa miejscowości przechodziła poważną ewolucję, gdyż w różnych okresach miasto nazywane było w źródłach historycznych Kcyna, Kczina, Kcyn, Kcznya, Kczynija. W encyklopedii Samuela Orgelbranda obok używanej dzisiaj nazwy Kcynia widnieje jeszcze jako nazwa równorzędna forma Krcynia. Niemcy zmienili nazwę miejscowości na Exin.
Spis geograficzno-topograficzny miejscowości leżących w Prusach z 1835, którego autorem jest J.E. Muller notuje niemiecką nazwę miejscowości Exin, a także polską nazwę Kcynia we fragmencie „Exin (poln. Kcynia)”.