W 1958 roku Kościelny i Narodowy Sobór, w którym wzięło udział 220 delegatów zarówno duchowieństwa, jak i wiernych świeckich, ogłosił odnowienie tejże metropolii w postaci autonomicznego Macedońskiego Kościoła Prawosławnego. Ten sam sobór powołał do życia trzy nowe eparchie oraz wybrał ich zwierzchników (łącznie nowa struktura miała dzielić się na cztery eparchie). W końcowej uchwale sobór zapewniał o pozostaniu w łączności z Serbskim Kościołem Prawosławnym i uznaniu zwierzchnictwa patriarchy serbskiego. W czerwcu roku następnego, mimo zastrzeżeń co do kanoniczności soboru (obecność tylko jednego biskupa w momencie jego otwarcia), Serbski Kościół Prawosławny zadeklarował aprobatę wobec jego postanowień. Ponadto biskupi serbscy zgodzili się na wyświęcenie kolejnych 3 biskupów.
Już jesienią 1966 zwierzchnik Macedońskiego Kościoła Prawosławnego arcybiskup Dosyteusz II wystąpił do patriarchy Serbii o nadanie Kościołowi Macedońskiemu autokefalii, która to prośba została odrzucona w maju następnego roku. Wobec odmowy patriarchy Serbii Kościół Macedoński postanowił ogłosić niezależność jednostronnie, mając cały czas wsparcie władz państwowych.