W 1927 obiekt został odremontowany. Już w dwa lata później samorząd Szawli zażądał zwrotu gruntu, na którym znajdowała się cerkiew, w celu wzniesienia na nim budynku urzędowego. Mimo apeli społeczności prawosławnej i zwierzchnika eparchii wileńskiej i litewskiej do najwyższych władz kraju, cerkiew została ostatecznie rozebrana w 1936. Prawosławnym pozwolono przenieść do cmentarnej cerkwi Ikony Matki Bożej „Wszystkich Strapionych Radość” całe wyposażenie dawnej świątyni, zaś w czerwcu 1937 samorząd wypłacił im odszkodowanie w wysokości 30 tys. litów, zezwalając równocześnie na wzniesienie nowej świątyni w obrębie cmentarza prawosławnego. Otrzymała ona to samo wezwanie, co rozebrana cerkiew.

Architektura Wejście do cerkwi prowadziło przez przedsionek, ponad którym wznosiła się dzwonnica zakończona niewielką cebulastą kopułą z krzyżem. Drzwi były obramowane portalem, poniżej dachu znajdował się rząd półkolistych okien. Druga, umieszczona na bębnie kopuła znajdowała się ponad nawą, otoczona przez cztery mniejsze.